É um bom pensamento, mas não, não. Você só precisará definir as permissões para todos os arquivos, pois o NTFS não suporta isso.
No entanto, você deve pensar em ter um dual boot, se é que você instalou o Ubuntu ao lado do Windows com o Wubi. Se você tiver uma inicialização dupla, não há nenhuma razão real para o Ubuntu ser lento, exceto se você tiver sua partição Ubuntu completa ou não alocou nenhuma partição swap.