Se você está planejando que esse script seja sempre executado em um ambiente de janela, e essas mensagens são usadas apenas para erros raros, considere usar xmessage ou gmessage em vez de echo. Isso abrirá uma nova janela com a mensagem, na qual o usuário pode clicar para descartar.
Por outro lado, se as mensagens forem comuns ou freqüentes, você poderá sempre executar todo o seu script dentro de uma nova janela de terminal para esse tipo de mímica. Em vez de configurá-lo para executar seu script, tente executar isso:
gnome-terminal -e "path to your script"
Suponho que você também precise passar o nome do arquivo para abrir o script, mas não tenho certeza de como esse parâmetro está codificado no contexto em que você está fazendo isso. Pode ser tão simples quanto colocar algo como $ * ou% s no lugar certo entre aspas.