Encontrou o problema. Foi a remoção do gnome-screensaver que causou o problema. Eu instalei de volta, e os menus e o painel voltaram. Então, se você quiser instalar o xscreensaver, NÃO remova o gnome-screensaver como recomendado por algumas pessoas se você quiser continuar usando o Gnome 3.6. Isso não afeta o Fallback do Gnome.