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O diretório de localização depende da preferência pessoal. Eu usaria / opt, mas qualquer um dos que você mencionou, ou a pasta home, faria.
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Supondo que esteja em / opt, crie um arquivo de texto com o seguinte conteúdo
[Desktop Entry] Name=Virgo FTP Comment=Virgo FTP Exec=/opt/virgoftp/virgoftp Icon=/opt/virgoftp/image/virgoftp32.png Terminal=false Type=Application Categories=System;Settings;GNOME;GTK; StartupNotify=true
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Novamente, supondo que tenha sido colocado em / opt, abra uma janela de terminal e execute
bash /opt/virgoftp/virgoftp