Você pode fazer o seguinte para tornar a associação entre o inicializador e seu comando mais strong:
1.) Lançamento eclipse
da linha de comando
2.) Execute xprop WM_CLASS
de um terminal e anote uma das strings entre aspas
3.) Edite seu lançador com a seguinte linha:
StartupWMClass=$WM_CLASS
em que $WM_CLASS
é uma das strings entre aspas.
Para que isso funcione, verifique se o .desktop
launcher está em algum lugar, onde é reconhecido pelo sistema, por exemplo, $HOME/.local/share/applications
ou /usr/share/applications
.