Parece que você usou o Wubi para instalar o Ubuntu no Windows.
Para remediar isso, você pode fazer backup de todos os dados que você tiver em sua partição Ubuntu, desinstalar o Ubuntu (Via "Adicionar e Remover Programas" no Windows), criar um disco ao vivo se você não tiver um, inicializar o disco, e percorrer o instalador ... ele deve ajudá-lo a particionar sua unidade.