Você pode excluir pacotes individualmente de um PPA. Aqui, vamos excluir o pacote mtr-0.82-3 do meu Sandbox1 PPA:
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Clique no PPA na sua página do Launchpad:
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Clique em Ver detalhes do pacote no canto superior direito:
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Clique em Excluir pacotes no canto superior direito:
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Marque o (s) pacote (s) que você deseja excluir e um comentário opcional. Em seguida, clique no botão Solicitação de exclusão :