Se você quiser simples , provavelmente deve colocar seus dados em LibreOffice Calc
e fazer um gráfico.
Se você quer algo que você pode personalizar mais e script para uso repetido, existem muitas opções, mas desde que você diz que sabe R
esta seria a escolha óbvia. Alguns outros podem ser python
+ matplotlib
, octave
, gnuplot
, etc ...