Tanto quanto eu posso dizer, sim, ele só irá instalar na unidade D, e afetará apenas os 30gb que você alocou para ele. Da mesma forma, quando desinstalado, acho que deve remover o disco virtual que o Wubi instala.
Se você quiser aumentar a quantidade de espaço alocado para o Wubi (tirada de este post ):
% bl0ck_qu0te%Eu nunca usei o Wubi, acabei de ler sobre ele, então responda com um pouco de sal.