Se um aplicativo for portátil ou não, depende da maneira como ele foi compactado ou distribuído. Normalmente, você pode instalar diferentes versões de aplicativos via apt-get (repositórios do Ubuntu) e eles coexistem, se não puderem, você será notificado ao instalar o segundo que você deve remover o primeiro para instalar o segundo. Os pacotes instalados via apt-get normalmente armazenam seus binários em / usr / bin e seus arquivos de configuração em pastas ocultas (pastas iniciando com um ponto) em seu diretório inicial, você pode vê-los pressionando ctrl-h
no gerenciador de arquivos enquanto dir home.
Se formos ao caso específico do eclipse, você pode fazê-lo como no Windows, você sempre pode baixar o eclipse do site (NÃO do repositório do Ubuntu) e mantê-lo em uma pasta e ele irá armazenar todos os seus config e dados dentro dessa pasta.
confira a página de download do eclipse (para linux)
Ele baixará uma pasta compactada que você descompactará e poderá executar diretamente o arquivo binário dentro da pasta.