Você pode usar o Gerenciador de configurações do CompizConfig para controlar como as janelas são colocadas com vários monitores. Primeiro você precisa instalá-lo:
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
O CCSM agora aparecerá no Dash ou poderá ser executado a partir da linha de comando com
ccsm
Na categoria "Gerenciamento de janelas", você verá um botão "Colocar janelas". Clique nele e vá para a aba "Geral". Você deve ver uma opção chamada "Multi Output Mode" com uma caixa suspensa. Tente alterar isso para "Usar dispositivo de saída com ponteiro", que abrirá janelas no monitor onde o ponteiro do mouse está atualmente, ou "Usar dispositivo de saída da janela focalizada", que abrirá novas janelas no monitor onde a janela atualmente focada está localizado.