A instalação manual de um kernel principal não desinstala o antigo. Eles são considerados pacotes diferentes e, portanto, o kernel antigo continuará a ser atualizado.
Em qualquer caso, o Ubuntu continuará inicializando a partir do novo kernel por padrão.
O novo kernel NÃO será atualizado automaticamente, a menos que você instale por meio de um PPA.
Você deve tentar instalar um kernel mais novo somente se tiver problemas específicos com o atual e quiser testar um novo kernel para ver se o problema foi corrigido ou não. Não é recomendado instalar um kernel upstream simplesmente para ter a versão mais recente, já que elas não são totalmente testadas e podem causar problemas.