Como usar a VPN depende de como a VPN foi configurada. Supondo que você tenha um cliente VPN, e o intervalo de IP do cliente VPN esteja no alcance de sua universidade, você pode simplesmente usar o IP na faixa de Universidades.
f.e .: O IP da minha rede doméstica é 192.168.0.5. Eu me conectei à minha VPN e recebi o IP 10.34.0.5 (intervalo da universidade). O servidor FTP da universidade está em 10.34.0.10. Você pode FTP para este ip agora.
Se você conhece uma url (por exemplo, fileserver.intranet.your-university.com) e esta url resolve e IP em seu intervalo vpn, você pode inserir essa url no seu navegador.
Se, no entanto, você não souber nenhuma dessas informações (quais servidores / serviços estão disponíveis), não posso ajudá-lo. Você precisa saber onde / o que você tem acesso.
Basicamente, os serviços sobre VPN funcionam da mesma forma que os serviços na Internet normal.