A unidade C: no Windows é mais conhecida no Linux como sda, onde a primeira (e possivelmente única) partição nessa unidade seria sda1. Se você tiver uma segunda unidade de disco fixa, normalmente D: no Windows, ela será chamada de sdb.
Quando você executa a instalação do Ubuntu, ele normalmente executa uma versão ao vivo do CD ou USB, com uma opção para instalar permanentemente. Você pode usar ferramentas de disco para ter certeza de que seu disco do Windows é de fato sda1. Então, quando você instalar, eu acredito que haverá uma opção para instalar em sda, com uma opção para apagar tudo e reformatar a unidade para ext4, o tipo de sistema de arquivos padrão. Isso é o que você quer escolher. Isso não fará nada na segunda unidade ou em qualquer outra unidade. Apenas certifique-se de que o disco escolhido seja aquele com o Windows; deve ficar bem claro com o instalador, pois é uma representação da GUI do seu disco e mostra o que está nele.