Tenho certeza que é um bug no Unity desde uma atualização recente. Comecei a experimentá-lo há cerca de um mês com o aplicativo Focuswriter de redação em tela cheia e descobri que isso acontece quando qualquer programa em tela cheia do meu sistema é minimizado.
Arquivei este relatório de bug: link
Se você confirmar, talvez eles façam algo sobre isso ...