O Linux não é como o windows. A maioria dos programas é instalada em diretórios diferentes sob / conhecidos como raiz. Seria difícil separar esses arquivos. Ao instalar o Linux em qualquer computador eu tenho um que é / e uma pequena partição como swap. A outra partição que eu faço / home. você pode ler mais sobre particionamento aqui Linux Tips Particionamento de disco
Ao instalar, você pode usar o programa gparted para particionar sua unidade da maneira que preferir. Você pode fazer o que eu descrevi ou você pode usar a sugestão nas dicas do Linux no particionamento do disco. Eu recomendaria assistir o que drive grub será sobre ele deve estar na unidade raiz. Eu cometi o erro de não assistir e colocá-lo na outra unidade e não consegui arrancar. Eu poderia ter consertado, eu apenas reinstalei.
O bom de ter o / home em outra partição é que você pode instalar algo como o kubuntu e manter / home. Todos os seus arquivos ainda estarão lá.