Eu realmente acho que seu problema é orientado para VMWare. Eu testei mouse PS / 2, mouse serial, mouse USB, óptico e até mesmo especial Logitech mouse que não funcionou quando 12.04 saiu, mas foram corrigidos mais tarde (pelo menos 2 semanas depois de eu ter mencionado pela primeira vez o problema). Então, todos os ratos estão trabalhando fora da caixa. Então, tenho certeza que seu problema é mais VMWare e não o Ubuntu.
Minhas sugestões:
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Insira um Ubuntu LiveCD / LiveDVD / LiveUSB e teste o Ubuntu sem o VMWare
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Teste seu mouse em outro PC que esteja executando o Ubuntu como o principal sistema operacional