O problema é com o Windows em hibernação. Se você iniciar o Windows, ele lê o arquivo da partição (sua unidade E :). Então, quando você deixar o Windows hibernar, ele terá esse filetable na memória e gravará a memória no hiberfile. Quando você abre o Ubuntu, adiciona arquivos e acorda o Windows, ele carrega na memória o estado antes de hibernar do hiberfile junto com o antigo filetable sem esses arquivos. No desligamento do Windows, o filetable é reescrito pelo antigo, portanto, os arquivos parecem ausentes.
Não escreva nada nessa partição / unidade e tente algum software de recuperação para recuperar os arquivos.