Se você inicializar a partir de um live cd você pode fazer um backup, porque você não precisa armazenar as permissões em um disco. Isso também é melhor porque você não usa o disco que está tentando fazer backup.
Você também pode encontrar arquivos grandes no seu sistema usando o comando find
. Veja aqui para detalhes.
EDIT: ou use
du -ma / | sort -nr | head -n 20
para encontrar rapidamente os 20 maiores arquivos.