Não sei se isso é uma solução ou apenas uma solução alternativa para o seu problema, mas você pode desativar o notificador de atualização dos aplicativos de inicialização. Acho que você não receberá mais notificações de atualização.
Abra um terminal e dê este comando
sudo sed -i 's/NoDisplay=true/NoDisplay=false/g' -i /etc/xdg/autostart/update-notifier.desktop
Em seguida, tente desativá-lo nos aplicativos de inicialização e veja se o problema foi resolvido.
OR
dê uma olhada no interior de /etc/xdg/lxsession
e veja se há algo relacionado a update-notifier