Acho que editar o CSS do tema GTK para o wingpanel / gnomepanel deve funcionar. Funcionou para o meu, mas eu fiz um monte de bagunça e só queria mudar a opacidade em 15%. Além disso, estou usando um tema de shell regular do Gnome, não sei se isso faz alguma diferença, pois pode haver vários arquivos dizendo ao painel como procurar.
E eu tento mudar de cor em /usr/share/wingpanel/style/default.css mas não tenho sorte