Eu suponho que você está tentando instalar o Ubuntu no Windows. Nesse caso, você pode nem precisar de um pendrive. Baixe o arquivo ISO e não faça nada com ele. Certifique-se de que tenha o nome de arquivo exato . Em seguida, faça o download do Wubi e execute o arquivo baixado. Siga todas as instruções e reinicie quando solicitado. Toda vez que você iniciar o seu computador, você será solicitado a escolher entre o Ubuntu e o Windows®.
Você também pode fazer o download de Unetbootin e corra isso, apontando-o para o arquivo ISO que você baixou.