Há um problema para alguns usuários em 12.04 e 12.10, onde o desligamento / reinício apenas os desconecta da sessão do usuário e não desliga a máquina, e o desligamento / reinício da tela de login não faz nada. É aparentemente apenas um bug . Você pode experimentar algumas das soluções que você pode encontrar no Google, mas nada funcionou de maneira confiável para mim.
Você ainda pode desligar seu computador abrindo um terminal tty (CTRL-ALT-F2 a F6), registrando-se como root e digitando
shutdown -h now
que desligará o sistema ou
reboot
que irá reinicializá-lo.