Não. Ele simplesmente fará o seu drive USB inicializável. Não toca no disco rígido (além de baixar a leitura da imagem baixada). Não vai atrapalhar a inicialização do Windows. No entanto, se o seu drive USB for inicializável, o boot será o Ubuntu. Quando você instala totalmente, no entanto, o bootloader será substituído pelo GRUB, que oferece uma escolha entre o Ubuntu e o Windows, bem como muitos outros sistemas operacionais, se estiverem instalados.