É comum colocar comandos como este no script ~/.profile , que é executado no login.
Eu pessoalmente recomendo usar ntpd em vez de ntpdate , pois é um serviço que é executado em segundo plano e constantemente verifica e corrige a hora.
Para instalá-lo, execute sudo apt-get remove ntpdate para remover ntpdate e, em seguida, sudo apt-get install ntpd .