Eu estou no Ubuntu 12.04 e tenho esse problema desde 10.04, parece que ninguém se preocupa em resolvê-lo, e é uma das coisas que torna o Ubuntu não amigável, uma vez que não se deve abrir o terminal nem pressionar q para resolvê-lo, nem faço o que faço.
Minha solução, depois de muitos métodos diferentes, é a seguinte:
- use o gerenciador de atualização apenas para verificar se há alguma nova atualização.
- se houver, feche o gerenciador de atualização (uma vez que ele será bloqueado se você continuar com ele) e abra o gerenciador de pacotes synaptic (instale-o se você não o tiver).
- aperte os botões no lado superior, um por um (recarregue, marque todos os upgrades, aplique)
você notará que, toda vez que uma atualização quiser mostrar o changelog, ela será exibida, mas desta vez com um botão "fechar". Feche todos os changelogs que possam aparecer e continue bem.