Eu tive o mesmo problema em que, após 2-3 horas com o Unity 3D, o console não respondia (congelamento de tela) e a tela ficava corrompida (aplicativos atravessando espaços de trabalho). Isso foi agravado desde que eu rodei o VMware Player com o Windows7.
Solução 1: Executar no modo 2D de unidade que não teve problemas, então, obviamente, o problema com o Unity 3D é o driver gráfico. O Ubuntu 12.04 padrão vem com o driver Nvidia 295.40, então a próxima solução foi atualizar.
Solução 2: Atualize para o último driver proprietário da Nvidia. Isso pode resolver o problema desde que as notas de lançamento no site da Nvidia indicam que há problemas com os drivers recentes da Nvidia que acabaram de ser resolvidos (leia: ainda pode haver alguns problemas!). Eu não tive problemas (por mais de 24 horas, sem congelamentos), exceto a corrupção ocasional de pixels na janela do meu VMWare.
A rota de atualização mais fácil é por meio do mecanismo PPA, pois isso atualizará corretamente o driver atual. Basta fazer (de link ):
sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-x-swat/x-updates
sudo apt-get update
A única ressalva é lembrar de desinstalar este PPA quando você fizer a próxima atualização do release de distribuição:
sudo ppa-purge ppa:ubuntu-x-swat/x-updates
Solução Real: O Ubuntu 12.04 deve atualizar o driver padrão da Nvidia como parte do processo normal de atualização / atualização, em vez de fazer com que os usuários usem um PPA.