Solução extraída dos comentários:
Os passos para encontrar a causa envolvem a verificação ...
- uso de memória / CPU (por exemplo, usando
top
para examinar os processos que usam a maior parte dele) - atividade do disco (primeiro verifique o LED do disco e
iotop
do pacoteiotop
é útil)
Na maioria dos casos, uma dessas duas etapas identifica o processo que está atrasado no sistema. Dependendo do que é, outras ações podem ser avaliadas (parando / matando esse processo ou, como neste caso, reorganizando tarefas do cron causando atividade pesada para que elas não sejam executadas ao mesmo tempo em paralelo).