Como o Julian disse, o que você está usando para sincronizar? Eu tenho uma configuração semelhante à sua. O Kubuntu é o meu sistema operacional hospedeiro, o Win7 roda em uma VM e uma partição armazena meus arquivos (e "Meus Documentos" para a VM Win7). Eu executo o Dropbox no host Kubuntu para sincronizar a partição "Meus Documentos".