Sem saber o que está causando seu problema, é difícil planejar uma boa solução alternativa.
Devo acrescentar que não tenho certeza se os aplicativos normalmente executam os comandos lp ou lpr para imprimir. Eu suponho que eles usam uma interface de biblioteca. Um exemplo seria este .
Embora não seja recomendado por motivos de segurança, você pode definir permissões para que, ao executar o comando lpr ou lp, elas sejam executadas com a mesma permissão do usuário a que pertencem ou do grupo ao qual pertencem (raiz):
sudo chmod u+s /usr/bin/lp /usr/bin/lpr
Se ele ajuda ou não a impressão de aplicativos, ele deve ajudá-lo a usar esses comandos sem usar o sudo a cada vez, supondo que você decida assumir o risco. A Wikipédia menciona esses riscos e uma referência, aqui .