Tenho certeza de que você modificou adequadamente o /etc/updatedb.conf para acomodar vários pontos de montagem (discos). Na verdade, eu pensei que ele olhou para tudo, exceto os caminhos que foram removidos (contidos no arquivo /etc/updatedb.conf).
Assim, você ainda pode usar o comando locate para selecionar os arquivos do banco de dados gerado.