Desculpe ser o portador de más notícias, você terá que restaurar seus arquivos do Windows a partir do último backup.
(Com o comando rm -rf .wine, você não apenas limpou todas as configurações do vinho, mas também todos os programas e DADOS. rm -rf XYZ é o comando 'nuke everything inside XZY' em sistemas unix, use somente se você sabe o que você está fazendo)
Você pode remover programas instalados no vinho usando o applet 'deinstall wine applications', sem necessidade de obter força bruta normalmente. Se você não conseguir remover algum aplicativo de vinho, vá para a pasta .wine e exclua seletivamente apenas o diretório do aplicativo.
Se você não tem backup, (mas por favor diga) e os arquivos são importantes, então você terá que fazer uma recuperação de dados de emergência naquele disco. A primeira ação é, então, PARAR DE USAR O DISCO IMEDIATAMENTE e obter aconselhamento profissional, pois a cada segundo que você usar o sistema, mais conteúdo do arquivo excluído será substituído.