Você pode encontrar a divisão do sistema operacional, entre outras estatísticas para os 500 principais supercomputadores aqui .
Cerca de 90% usam alguma variedade de Linux. Nenhum relata o uso do Ubuntu, mas quase nenhum especifica exatamente qual distribuição Linux eles usam.
Eu suspeito que a maioria usa suas próprias distribuições customizadas tanto com o kernel quanto com o software sob medida para seu hardware e usos principais. Meu palpite seria que eles usariam o Red Hat ou o Debian (como o Ubuntu) como ponto de partida para customização, mas esta é apenas a minha suposição.