Se você estiver usando o 12.04, por favor, instale Mediainfo e cole os metadados do arquivo em seu questão. Se bem me lembro WinFF é nada mais que uma interface gráfica para o FFmpeg. Tem certeza de que o arquivo não está protegido por DRM ou por outros mecanismos?
Normalmente, os fluxos de transporte capturados da TV podem conter quedas de quadros ou outras falhas. Se for esse o caso e você não puder consertar isso no Windows com as ferramentas usuais como o tsRemuxer, as coisas ficarão confusas e feias.