Eu tenho visto esse tipo de comportamento quando você não está ajustando o volume de saída no dispositivo de saída de áudio ativo. No meu caso, quando eu conectava um dispositivo de áudio USB, a saída de áudio mudava para ele, no entanto, o controle de volume controlava o áudio não utilizado da placa.
Se você abrir a janela de configurações de som, verá mais de um dispositivo de saída? O controle de volume em um dos dispositivos de saída funciona corretamente?
Veja algumas discussões (sem solução) sobre o mesmo problema: link