De acordo com este link ( link ) é possível modificar o Wubi para uso com outras distribuições, isso envolve provavelmente muitos scripts / codificação e recompilação do wubi, além disso, alguns arquivos do Linux (na distribuição) podem precisar de correções e alguns pacotes são necessários.
% bl0ck_qu0te%Dito isto, é possível modificar o Wubi para fazê-lo inicializar outras distribuições (como o Linux Mint), mas isso requer modificações no lado da imagem da sua distribuição.
Você poderia tentar renomear uma imagem ao vivo de uma distribuição que gostaria de inicializar em ubuntu-12.04-desktop-amd64.iso (ou ubuntu-12.04-desktop-i386.iso dependendo da sua arquitetura), colocá-la em um lugar que a wubi possa encontrar (raiz de qualquer unidade, mas C : \ ou mesma pasta como wubi) e instale o "ubuntu" no wubi sabendo que não é realmente o ubuntu.
No entanto, eu recomendaria strongmente que não o fizesse porque poderia estragar muitas coisas: o Wubi pode se recusar a iniciar a instalação ou instalará e a distribuição instalada não funcionará corretamente .
Em resumo: Sim, o wubi pode ser modificado para outras distribuições, mas as distribuições precisam ser modificadas corretamente para funcionar com o wubi. Então você terá que perguntar ao mantenedor da distro de sua escolha para apoiar o wubi.