Tivemos um problema semelhante com nosso aplicativo. Acontece que usamos um wrapper para lançá-lo - e ele não pode ser lançado sem o wrapper.
No entanto, o ícone na bandeja é o ícone do aplicativo, não o ícone do lançador.
Remover o & amp; do iniciador resolveu o problema, pois agora é o ícone do wrapper que vemos.
Por que não pode ser lançado sem o wrapper? Parece que o aplicativo procura por seus arquivos de configuração usando um caminho relativo - e o ícone no lançador confunde; acha que está localizado no lançador.
Quanto à sua pergunta: talvez você possa descobrir como adicionar os ícones originais ao inicializador, sem iniciar os aplicativos. (Embora você probabaly terá então 2 ícones exibindo enquanto o aplicativo está sendo executado.)