Você precisa mudar para esse diretório e depois executar o programa depois de alterar as permissões. Você se tornará um superusuário para esse propósito.
Estou assumindo que você pode navegar para esse diretório no Windows onde salvou esse arquivo.
Agora, vá para esse diretório e abra o terminal do outro lado e digite
cd
e arraste o diretório no qual seu arquivo .c existe no terminal. Se o seu arquivo estiver no Windows Desktop, o terminal ficará assim:
cd '/media/Windows_7/Users/username/Desktop'
Agora, digamos que seu arquivo seja test.c, altere as permissões do arquivo e veja se funciona usando:
sudo chmod 755 test.c
Agora compile e veja se funciona, se não fizer o mesmo para a.out também.
Se isso não funcionou, acho que significa que as permissões do drive precisam ser alteradas.
Para isso, o comando seria algo como isto:
sudo mount -t ntfs -o rw,auto,user,fmask=0022,dmask=0000 /dev/whatever /mnt/whatever
onde 'o que for' depende do seu sistema.
As instruções para fazer isso são aqui e aqui
Se não é isso que você está falando, então você deve fazer o que mbs disse.