Do manual update-rc.d:
If defaults is used then update-rc.d will make links to start the
service in runlevels 2345 and to stop the service in runlevels 016.
Parece que, ao invés disso, os runlevels definidos em /etc/init.d/fuseki são: start runlevel 3,4 and 5 como stop 0,1 e 6. Este não é o padrão e o programa alerta você sobre isso.