Eu estava tendo o mesmo problema. Então eu encontrei a solução aqui:
O plugin de escala continua esquecendo configurações de canto ativo na reinicialização :
O Ubuntu-Tweak usa o compiz para esse ajuste. Então o problema é o mesmo.
copiado de lá:
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Execute o gconf-editor a partir do Terminal ou Alt + F2
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Navegue até apps > compiz-1 > geral > screen0 > opções > active_plugins
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Mova "Escala" para o final da lista.
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Mova "Expo" para o canto inferior direito acima de "Escala" e abaixo de Unityshell.