Existem algumas coisas adicionais a serem consideradas além do desempenho ao mover diretórios de nível raiz para montagens separadas.
Um deles é o fato de que alguns diretórios devem estar presentes durante os estágios iniciais do processo de inicialização, antes que qualquer partição seja montada. Quero dizer, mover /boot obviamente quebraria as coisas, a menos que você tenha o cuidado de modificar o gerenciador de inicialização informando o novo local do diretório.
Da mesma forma, o comando mount está localizado em /bin , fstab está localizado em /etc e o primeiro processo chamado pelo carregador de inicialização, chamado init , está localizado em /sbin . Além disso, meu entendimento é que alguns binários em /sbin podem usar bibliotecas de /lib .
Eu não estou dizendo que é absolutamente impossível ter esses diretórios em outro lugar - o Linux é incrivelmente flexível - mas é um tipo de coisa "proceda com cautela".
Meu entendimento é que /opt , /usr e /var podem ser movidos sem muita dificuldade, mas eu esperaria que mover /usr para uma unidade lenta retardaria consideravelmente as coisas, pois contém todos os programas GUI você está usando o tempo todo. Pelo menos, os programas começarão muito mais devagar.
Outra consideração é quanto espaço em disco você vai ganhar movendo os diretórios para outra unidade ... /bin é cerca de 9 megabytes e /etc na minha máquina é 25 MB - definitivamente não vale a pena. /usr é o mais volumoso, então, se qualquer coisa, eu apenas movo /usr e deixo o resto na partição raiz.