Sim, você precisa editar o fstab para montagem automática. O Nautilus não usa fstab
para dispositivos de montagem.
Para configurar as unidades ntfs para montagem automática e outras alterações, descobri que o Storage Device Manager (pysdm) é o melhor. Você pode instalá-lo a partir do centro de software.
Aqui está um rápido guia como configurar a montagem automática.