Não, não será. A recuperação automática é uma coisa do Windows e não é afetada pelo Ubuntu.
O Ubuntu e o Windows são duas entidades separadas que podem usar todos os recursos disponíveis em uma inicialização dupla. A única performance que você verá será um atraso de 1 ou 2 segundos durante a inicialização, pois você terá o grub instalado e a opção de iniciar o Ubuntu ou o Windows.
Somente quando você instalar 1 (guest) dos 2 no outro SO (host) com o VM Ware ou o Vitualbox, o sistema operacional convidado sofrerá uma penalidade de desempenho, já que o host eliminará algum desempenho.