Eu tenho uma configuração de monitor duplo envolvendo um laptop e um monitor externo e, claro, eles são de tamanhos diferentes (laptop-1366 x 768 e externo-1280x1024). Tenho notado que, enquanto meu monitor de laptop tem 768 pixels de altura, o visor virtual é muito maior. Nesta captura de tela do meu display 
você pode ver na tela da esquerda uma área de luz que é o tamanho real do monitor. As áreas escuras que aparecem na parte superior e inferior da tela não são visíveis no meu monitor físico, mas o sistema operacional continua a colocar ícones lá e alguns aplicativos até mesmo começam lá. Alguém sabe como se livrar desse espaço excedente?
Defina o monitor de resolução mais alta para ser seu monitor principal. As etapas para isso variam dependendo de qual driver você está usando, se ele suporta xrandr, se você está usando xinerama ou não, e se você está aprimorando seu xorg.conf entre outras coisas.
Portanto, não passo a passo. Você pode obter todos os seus ícones na sua área de trabalho dessa maneira.