Tente instalar o FSLint!
Para instalar pelo terminal Hit Alt + Ctrl + T e execute o seguinte comando:
sudo apt-get install fslint
Para instalar a partir do Centro de Software, procure por 'fslint'.
Ele pode facilmente encontrar arquivos duplicados e, em seguida, dá-lhe uma opção para excluir, mover, etc. Dê-lhe o caminho para a pasta do iTunes e clique em encontrar.