Sim, o instalador gráfico apresentará uma opção para manter o Windows. O que vai acontecer é que você é perguntado quanto espaço do disco rígido o Windows deve ter acesso, e quanto o Ubuntu deve usar. Isso é apenas um controle deslizante e você pode escolher 50%, por exemplo. Você deve estar ciente de que, embora o Windows não seja capaz de ler dados do Ubuntus, o Ubuntu é capaz de ler e gravar no sistema de arquivos do Windows.
A diferença entre o Wubi e uma instalação normal a esse respeito, é que o Wubi instala não redimensiona o sistema de arquivos do Windows, mas cria uma pasta nele onde o Ubuntu pode ser "instalado". Se você já ouviu falar de imagens ISO que são usadas em vez de discos de CD-ROM, esse é o mesmo tipo. Em vez de simular um CD-ROM em um arquivo, o wubi simula um disco rígido para ser usado pelo Ubuntu. Mas isso também significa que as instalações do Wubi geralmente são menos eficientes e também podem ser menos estáveis. Uma instalação normal é preferida e é muito fácil de fazer. Basta seguir as instruções na tela e você não deve ter dificuldades.
Mas, por favor, preste atenção. Por exemplo, se você optar por não manter as janelas, elas não poderão ser desfeitas depois. Portanto, certifique-se antes de clicar. :)