Não tenho certeza se o que você está pedindo é possível fazer da maneira que você quer, sem que ninguém ponha as mãos no computador remoto.
A única maneira que posso pensar por enquanto é instalar uma VM (virtualbox por exemplo) e instalar o Ubuntu nela, assim você poderá controlar a máquina Ubuntu após a instalação (e reinicializar para configurá-la). Você pode até mesmo preparar um arquivo HD virtual localmente e transferi-lo para a máquina remota, para que você não precise instalar o Ubuntu remotamente.