Não, seu código-fonte não precisa corresponder ao layout instalado. No entanto, o sistema de compilação (criar / o que você usa) deve instalar tudo o que for necessário. E se uma variável DESTDIR for fornecida, ela deverá ser o prefixo para os caminhos de instalação.
Não, não é um problema hospedar no github. Se você quiser as compilações diárias , precisará configurar uma importação automática para o bzr no Launchpad.
Se você está passando pelo developer.ubuntu.com, não precisa se preocupar com a embalagem. Eles cuidarão disso.