Infelizmente, uma solução linux para sincronizar seus dados PIM diretamente para um telefone Android ainda não existe.
Como tive o mesmo problema, encontrei várias "soluções alternativas" possíveis sem entregar seus dados a terceiros:
- Configurando seu próprio servidor "Owncloud" em seu computador local.
Inconveniente: a configuração do servidor pode ser complicada. As aplicações Android da Owncloud parecem ainda estar na versão beta. Telefone e computador precisam estar na mesma rede. Pode não ser viável quando, por ex. viajando muito. - Executar o MyPhoneExplorer no Wine.
Eu encontrei uma explicação detalhada de configuração no Fórum MyPhoneExplorer. Desvantagem: Você precisará executar o Thunderbird / Lightning in Wine também. - Fique no Win / Mac. Pelo menos até esta funcionalidade estar presente no Linux.