Para a minha configuração, normalmente tenho três partições,
- A primeira partição monta o diretório raiz (/) (os arquivos do SO)
- A segunda partição monta o diretório inicial (/ home) (arquivos pessoais)
- O terceiro é para espaço de troca
O principal benefício disso é que eu posso realizar uma atualização limpa do Ubuntu sem afetar meus arquivos pessoais. Eu também posso instalar outra distribuição Linux junto com o Ubuntu, que compartilhará o diretório inicial.
Quando você está instalando o Ubuntu, você pode configurar essas partições no editor de partições especificando partições manualmente. Eu geralmente atribuí 10GB à partição raiz e nunca tive problemas com espaço; a partição de swap pode ser até você, mas 2 GB seria suficiente; a partição inicial ocuparia o espaço restante.
Estou assumindo que você não está com o boot duplo, então, por favor, corrija-me se eu estiver errado!